במהלך הפעולה הרגילה של המסך הרוטט, עקב המאפיינים והצורות השונים של החומרים, סוגים שונים של חורי מסך ייחסמו. הסיבות לחסימה הן כדלקמן:
1. מכיל מספר רב של חלקיקים קרוב לנקודת ההפרדה;
2. לחומר יש תכולת מים גבוהה;
3. חלקיקים או חומרים כדוריים עם נקודות מגע מרובות לחורי המסננת;
4. יתרחש חשמל סטטי;
5. חומרים מכילים חומרים סיביים;
6. יש יותר חלקיקים קשקשים;
7. רשת המסך הארוגה עבה;
8. למסננים עבים יותר כמו מסנני גומי יש עיצובים לא סבירים של חורים והם אינם מגיעים לגדלים העליונים והתחתונים, מה שעלול לגרום לחלקיקים להיתקע. מכיוון שרוב חלקיקי החומר שיש לסנן אינם סדירים, גם הגורמים לחסימה מגוונים.